Z początku napadał na planety na obrzeżach jej terytorium, ale szybko zyskał poparcie resztek Imperium. Nakłonił do współpracy szalonego klona Jedi Cbaotha, utworzył potężną flotę i zaczął klonować szturmowców. Porwał także zdolne do przebijania pancerzy okrętów wgłębiarki Landa Calrissiana.
Leia urodziła bliźnięta Jainę i Jacena Solo. Luke spotkał Marę Jade, dawną Rękę Imperatora, która początkowo chciała go zabić. Thrawn zaatakował gwiezdne stocznie i uszkodził wiele okrętów Nowej Republiki. Sprzymierzeńcy Wielkiego Admirała, istoty rasy Noghri, przeszli na stronę Nowej Republiki. Thrawn zdobył większość grupy kilkuset pancerników zwanych Katańską Flotą. Cbaoth wyhodował klona Luke’a Skywalkera i kazał
mu stoczyć walkę z prawdziwym młodym Jedi, ale klona zabiła Mara Jade. W końcu Thrawn został zabity przez jednego z Noghrich. Dowództwo nad imperialną flotą objął kapitan Pellaeon. Rok później na scenie pojawiła się znów Ysanna Isard, ale zginęła z ręki agentki Wywiadu Nowej Republiki, Ielli Wessiri.
Dziesięć lat po Bitwie o Yavina pojawił się znów Imperator Palpatine – a ściślej jego odrodzona wersja. Mon Mothma zarządziła ewakuację mieszkańców Coruscant. Imperator, posługując się tajemną magią Sithów, jeszcze raz zapragnął zwabić Luke’a na Ciemną Stronę Mocy. Znów mu się to nie udało, ale mimo to podporządkował Luke’a swojej woli. Chciał,
żeby na Ciemną Stronę Mocy przeszło trzecie, jeszcze nienarodzone dziecko Leii i Hana. W
końcu odrodzony Imperator zginął, a Luke rozpoczął poszukiwania wrażliwych na Moc osób.
Leia urodziła trzecie dziecko, Anakina Solo.
Luke odnalazł Gantorisa, Streena, Kama Solusara, Kalamariankę Cilghal, Tionnę, Kiranę Ti, klona Dorska Osiemdziesiątego Pierwszego i pilota Eskadry Łotrów Corrana Horna. W
ruinach prastarej świątyni na Yavinie Cztery założył nową Akademię Jedi, gdzie zaczął
szkolić uczniów w sztuce władania Mocą i posługiwania się świetlnym mieczem. Tymczasem Han i Chewbacca zostali uwięzieni na Kessel w kopalni przyprawy, gdzie natknęli się na wrażliwego na Moc młodzieńca, Kypa Durrona. Wszyscy trzej uciekli, ale trafili do pełnego czarnych dziur rejonu zwanego Otchłanią. Dostali się tam w ręce władczyni tajnego imperialnego Laboratorium Otchłani, admirał Daali, która nic nie wiedziała o wojnie ani o śmierci Imperatora. Han, Chewie i Kyp porwali imperialną superbroń, zwaną Pogromcą Słońc, i uciekli. Kiedy Daala poznała prawdę o obecnej sytuacji politycznej, postanowiła rozpocząć wojnę z Nową Republiką. Mon Mothma została otruta na Coruscant, ale wyzdrowiała dzięki staraniom Cilghal. Daala zaatakowała Kalamara, a Nowa Republika zdobyła i zniszczyła Laboratorium Otchłani. Uzdrowiona Mon Mothma przekazała całą władzę nad Nową Republiką w ręce Leii Organy Solo.
Tymczasem na czwartym księżycu Yavina ożył uśpiony tam od bardzo dawna duch Lorda Sithów Exara Kuna. Zaczął zwodzić uczniów Luke’a i narzucać im swoją wolę, bo pragnął
zabić młodego Mistrza Skywalkera. Pierwszą ofiarą ducha padł Gantoris; wpływom Exara Kuna uległ także ambitny Kyp Durron, który porwał Pogromcę Słońc z zamiarem niszczenia planet dochowujących wierności Imperium. Wywołał eksplozję wielu gwiazd i unicestwił
Caridę z tamtejszą Imperialną Akademią, w której kształcili się kandydaci na szturmowców.
Nie przeszedł jednak na Ciemną Stronę Mocy. Uciekł Pogromcą Słońc i zniszczył tę broń, posyłając ją w czeluść czarnej dziury. Później jednak pomógł duchowi Exara Kuna uśpić Mistrza Skywalkera. Od pewnej śmierci ocalił Luke’a jego wówczas niespełna trzyletni siostrzeniec Jacen Solo. Duch Exara Kuna został pokonany, dzięki czemu duch Luke’a mógł
powrócić do swojego ciała.
Zgromadzeni w rejonie Jądra galaktyki moffowie i inni dostojnicy Imperium, a wśród nich pani admirał Daala, nawiązali kontakt z byłą Ręką Imperatora Rogandą Ismaren.
Poszukując ukrytych wiele lat wcześniej dzieci Jedi, Leia spotkała Rogandę i odkryła, że ta chce opanować superpancernik „Oko Palpatine’a” i wydać wojnę Nowej Republice. Roganda wszczepiła swojemu synowi implant, pozwalający mu zdalnie wydawać rozkazy automatom.