Dotkliwą klęskę w pierwszych dniach wojny uznał za wynik spisku najwyższych oficerów. Uważał, że dowódcy Frontów zdradzili go, że wycofują swoje jednostki lub poddają je, aby otworzyć niemieckim wojskom drogę do Moskwy. Dlatego zdecydował się wysyłać zaufanych ludzi na najbardziej zagrożone odcinki, dając im nieograniczone uprawnienia.
Żukow niewiele mógł zdziałać. Kiryłł Kirponos, dowodzący Frontem Południowo - Zachodnim, był miernym dowódcą, ledwie radził sobie z dywizją liczącą kilkanaście tysięcy żołnierzy, a już zupełnie nie potrafił zapanować nad tak wielką formacją, jaką był front, z setkami tysięcy żołnierzy. Awans zawdzięczał wyjątkowo służalczej postawie w latach wielkiej czystki, gdy bojąc się o własną skórę (jego szwagier Jan Piątkowski mieszkał na stałe w Polsce), ze szczególną zaciekłością tropił “wrogów ludu” w szkole piechoty w Kazaniu, gdzie był komendantem. W 1940 r. zgłosił się na wojnę z Finlandią i oddano mu dowodzenie 70. dywizją piechoty. Szczęśliwy traf chciał, że jednostka ta jako pierwsza wkroczyła do Wyborga, co zadecydowało o dalszej karierze Kirponosa: odznaczenia, awans do stopnia generała pułkownika i stanowisko dowódcy Leningradzkiego oraz Kijowskiego Okręgu Wojskowego. Prowadząc wojska Frontu Południowo - Zachodniego do walki, popełnił tak wiele kardynalnych błędów, że członek Rady Wojennej Frontu, korkom Waszugin, wnioskował o jego natychmiastowe zwolnienie. Kirponos miał jednak szczęście, że Stalin wysłał do niego Żukowa, frontowca, który chciał ratować sytuację. Do dowódcy Frontu Zachodniego, generała Dmitrija Pawłowa, przybyli ludzie zdecydowani wykazać, jak bardzo przydają się Stalinowi w tropieniu zdrajców. Byli to: Woroszyłow, Mechlis, Szaposznikow. Mieli z góry upatrzone ofiary: dowódcę Frontu, oraz jego najbliższych współpracowników. Generał Pawłów, aresztowany 4 lipca, po dwóch dniach tortur przyznał, że jako uczestnik spisku Tuchaczewskiego w 1937 r. postanowił pomścić śmierć marszałka i otworzyć front przed wojskami niemieckimi. 22 lipca, po krótkim procesie, został rozstrzelany wraz z 3 innymi generałami. Nad kadrą dowódczą zawisła nowa groźba czystek i to w czasie, gdy wojska niemieckie parły na Moskwę. Każda klęska czy nawet rozkaz odwrotu, rzecz normalna, a niekiedy bardzo pożądana w warunkach nowoczesnej wojny, uważane były za zdradę ojczyny, a za to groziła śmierć.
Żukow niewiele mógł pomóc Kirponosowi. Tym bardziej że już 26 czerwca, a więc 3 dni po przybyciu do Tarnopola, zadzwonił Stalin:
- Na Froncie Zachodnim powstała trudna sytuacja. Nieprzyjaciel znalazł się pod Mińskiem. Nie sposób dociec, co się dzieje z Pawłowem. Nie ma wieści o marszałku Kuliku. Marszałek Szaposznikow zachorował. Czy możecie natychmiast wrócić do Moskwy?
Stalin, który powoli dochodził do siebie po szoku, jakim było totalne załamanie polityki sojuszu z Niemcami, przejmował bezpośrednie kierowanie wojskiem. 30 czerwca 1941 r. stanął na czele Komitetu Obrony Państwa. 8 sierpnia utworzono Kwaterę Główną Najwyższego Naczelnego Dowództwa (było to kolejne przekształcenie utworzonej 23 czerwca Kwatery Głównej Naczelnego Dowództwa Sił Zbrojnych). Najwyższym naczelnym dowódcą, aż do końca wojny, był Józef Stalin. Jego najbliższym współpracownikiem został Gieorgij Żukow.