Wystarczy tylko wykonać polecenie:
24
2. Instalacja i konfiguracja GENESIS
sudo apt-get install genesis
by cieszyć się działającą wersją środowiska 2.3 bez konieczności wykonywa-
nia wszystkich czynności, o których mowa od początku rozdziału. W sytu-
acji, gdy użytkownicy zamierzają przeprowadzać symulacje na komputerze
osobistym, bez wykorzystania obliczeń równoległych taka instalacja w zu-
pełności wystarcza. Autor jednak stanowczo zachęca do kompilacji symula-
tora bezpośrednio ze źródeł. Umożliwia to nie tylko łatwe późniejsze uak-
tualnienie do wersji równoległej, ale również daje możliwość bezpośredniej
ingerencji w „serce” środowiska, co umożliwia wbudowywanie weń nowych
funkcjonalności. No i jeszcze ta satysfakcja. . . ; −)
2.6. Czynności poinstalacyjne
Po zakończonej sukcesem instalacji wykonujemy czynności poinstalacyj-
ne. Najpierw należy skopiować do katalogu domowego plik konfiguracyjny
.simrc albo w przypadku wersji bez X-Windows plik .nxsimrc. W tym
celu wykonujemy następujące polecenia:
cd
cp genesis-2.3/genesis/startup/.simrc .
ewentualnie:
cd
cp genesis-2.3/genesis/startup/.nxsimrc .
Następnie warto dodać ścieżkę do katalogu, w którym znajduje się skompi-
lowany GENESIS do pliku .bashrc w taki sposób, aby z każdego miejsca
w systemie w łatwy sposób dało uruchamiać się skrypty. W tym celu otwie-
ramy plik konfiguracyjny powłoki w dowolnym edytorze tekstu, np. gedit:
cd
gedit .bashrc
i na samym końcu dopisujemy linię:
export PATH=$PATH:/home/student/genesis-2.3/genesis/
gdzie zamiast słowa student wpisujemy nazwę katalogu domowego użyt-
kownika.
Z punktu widzenia dalszych rozważań wygodnie będzie mieć zainstalo-
wane w systemie narzędzie do wizualizacji wyników. Idealnym kandydatem
wydaje się tu być gnuplot. Poza tym wygodnie będzie wzbogacić system
o starego dobrego Midnight Commandera i na przykład kultowy edytor
tekstu emacs. Wykonanie polecenia:
2.7. Sprawdzenie instalacji
25
sudo apt-get install gnuplot mc emacs
dopełni dzieła instalacji GENESIS w środowisku programisty systemu Ubun-
tu Linux 10.04.
2.7. Sprawdzenie instalacji
Poprawnie zainstalowany GENESIS uruchamiamy z dowolnego miejsca
w systemie wykonując polecenie:
genesis
Uwaga: ze względu na konieczność załadowania utworzonej przed chwilą
ścieżki dostępu należy zamknąć terminal i otworzyć go na nowo.
Jeżeli wszystko przebiegło dobrze to oczom użytkownika powinien uka-
zać się ekran podobny do Rys. 2.1 Pozostaje nam jeszcze sprawdzić czy
Rysunek 2.1. Konsola nowozainstalowanego GENESIS.
środowisko zainstalowało się również poprawnie w trybie graficznym. W tym
celu wykonujemy polecenia:
cd
cd genesis-2.3/genesis/Scripts/squid
genesis Squid.g
Jeżeli pojawią się staroświeckie okienka i panele kontrolne symulacji - mo-
żemy nacisnąć przycisk RUN, aby otrzymać efekt podobny do Rys. 2.2.
Przycisk QUIT powoduje wyjście z tej przykładowej symulacji.
26
2. Instalacja i konfiguracja GENESIS
Rysunek 2.2. Nowozaistalowane GENESIS uruchomiony w trybie graficznym.
2.8. Podsumowanie
Przedstawiono proces kompilacji i instalacji środowiska GENESIS v. 2.3
ze źródeł w systemie operacyjnym Ubuntu 10.04 LTS.
2.9. Zadania
Zadanie 1
Zainstaluj ze źródeł środowisko GENESIS 2.3 na domowym komputerze.
Zadanie 2
Zainstaluj oprogramowanie przydatne do pracy w GENESIS.
Rozdział 3
Podstawy języka skryptowego
GENESIS
3.1. Wprowadzenie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
28
3.2. Program „Hello World” . . . . . . . . . . . . . . . . . .
28
3.3. Deklaracje zmiennych . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
29
3.4. Operatory i wyrażenia . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
30
3.5. Instrukcja warunkowa . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
31
3.6. Funkcje . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
33
3.7. Pętla for . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
34
3.8. Inne ważne polecenia . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
36
3.9. Podsumowanie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
36
3.10. Zadania . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
36
Zadanie 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
36
Zadanie 2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
36
Zadanie 3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
37
Zadanie 4 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
37
Zadanie 5 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
37
Zadanie 6 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
37
28
3. Podstawy języka skryptowego GENESIS
3.1. Wprowadzenie
W tym rozdziale zapoznamy się z podstawami programowania w języ-
ku skryptowym GENESIS – SLI (ang. Script Language Interpreter). Język
ten, którego składnia nieco przypomina C++, sprawia, że GENESIS jest
od dwóch dekad jednym z najlepszych środowisk służących modelowaniu
i symulacji zarówno pojedynczych komórek nerwowych jak i rozległych sieci
neuronowych wielkiej skali.
3.2. Program „Hello World”
Poszczególne polecenia powłoki GENESIS można wydawać bezpośrednio
z konsoli symulatora. Nie jest to jednak wygodne rozwiązanie, dlatego że
stworzenie dużego modelu wymagałoby bezbłędnego wydania kilkudziesię-
ciu albo kilkuset poleceń. Nietrudno przewidzieć, że w przypadku popełnie-
nia błędu ewentualna jego poprawa byłaby żmudnym albo i niewykonalnym
zadaniem. Dlatego skrypty GENESIS powinno się pisać w zwykłych plikach
tekstowych (z rozszerzeniem .g) wykorzystując dowolny edytor, na przykład
emacs, mcedit albo gedit.
Jako pierwszy program w GENESIS uczynimy to co uczynić powinni
wszyscy programiści poznający nowy język programowania. Napiszemy pro-
gram Hello World zapisując w pliku hello.g następujące polecenie:
echo "Hello World"
Skrypt uruchamiamy przez wykonanie polecenia w konsoli systemu Linux1
(nie GENESIS):
genesis hello.g
Po wykonaniu komendy uruchamia się środowisko GENESIS i po załadowa-
niu plików konfiguracyjnych w konsoli symultaora pojawiają się następujące
wiersze:
Simulation Script:
hello.g
Hello World
genesis #0 >
Czytelnik, który dokonał powyższego może już uznać się za programistę
GENESIS :-).
1 W tym miejscu mniej zaawansowanym użytkownikom systemu Linux polecamy